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Malgré les excellentes critiques, la série n'a jamais réussi à trouver son public.

Malheureusement, Manhattan n'ira pas plus loin. Quelques semaines après la fin de la saison 2, la chaîne WGN America a annulé la série, l'une de ses premières créations originales, qui racontait la vie improbable d'une ville-laboratoire, en 1943, isolée du monde, au milieu du désert du Nouveau-Mexique, où des scientifiques planchaient sur un projet ultra secret, le projet Manhattan, visant à produire une arme atomique.

Dans un communiqué cité par le Hollywood Reporter, les patrons de WGN expliquent : "Après mûre réflexion, nous avons pris la décision très difficile de ne pas aller de l'avant avec une troisième saison de Manhattan. Nous sommes fiers de cette série acclamée par la critique, un drama extraordinaire et original et nous sommes profondément déçus que ce merveilleux show n'ait pas réussi à toucher un plus large public."

En France, la série était diffusée sur OCS Max.